Yläkerta on kotimuseon vuosina ollut vierailta suljettuna, suvun yksityiskäytössä. Yläkerran eteiseen pääsee ruokasalin portaita pitkin. Portaiden luota löytyy komero, jota tyttäret kutsuivat kettuluolaksi. Siellä ja yläkerran työhuoneen kaapissa säilytettiin säveltäjän sikarilaatikkoja.

Yläkerran eteisen komerossa on runsaasti nuotteja, mm. tytärten pianoläksyjä. Keittiön yläpuolella on vierashuone ja sen vieressä tilava makuuhuone, jonne puolisot muuttivat remontin jälkeen loppukesällä 1911. Jean Sibelius siirtyi nukkumaan alakertaan 1940-luvulla, kun portaiden kapuaminen kävi vaivalloiseksi, ja makuuhuone jäi Aino Sibeliuksen käyttöön. 

Salin yläpuolella on Jean Sibeliuksen työhuone, jossa Sibelius valmisti teoksia syksystä 1911 ja Historiallisia kuvia -sarjasta alkaen. 1940-luvulta lähtien Sibelius työskenteli alakerrassa. Yläkerran työhuoneesta tuli vierashuone mm. lastenlapsille, jotka yrittivät saada unta Sigurd Wettenhovi-Aspan pelottavan Beethoven-patsaan mulkoilusta huolimatta.